按照《国务院关于印发统筹推进世界一流大学和一流学科建设总体方案的通知》（国发〔2015〕64号）、《教育部 财政部 国家发展改革委关于印发〈统筹推进世界一流大学和一流学科建设实施办法（暂行）〉的通知》（教研〔2017〕2号）、《四川省人民政府关于统筹推进一流大学和一流学科建设的实施意见》（川府发〔2017〕58号）相关文件要求，结合《西南医科大学“十三五”事业发展规划（2016-2020）》和学科专业实际情况，学校编制完成《西南医科大学一流大学和一流学科整体建设方案》。方案按照相关程序，经过广泛征求意见、校学术委员会审议、校长办公会和党委常委会审定、公示等环节，数次修改完善，最终按要求上报四川省教育厅。
方案明确了学校三步走战略目标：到2020年，建成特色鲜明的区域一流医科大学，成为西部地区医药卫生人才培养的重要基地。到2030年，建成西部一流医科大学，有力支撑区域经济社会发展所需产业结构升级和创新驱动发展需要。到2050年，全面建成国内一流医科大学，成为在医药卫生行业有较大影响力和竞争力的一流大学。
方案从”打造一流师资队伍、培养一流创新人才、增强创新服务能力、提升开放合作水平、完善内部治理结构、分层分类发展、推进人事制度改革、完善科技创新制度、深化管理体制机制改革”等9个方面对学校推进“双一流”建设工作做了具体部署和进度安排，并提出从组织机构、投入机制、评价激励、动态调整、学科特区、联动管理等方面做好相关保障工作。
学校将以“双一流”建设为契机，坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，坚持社会主义办学方向，以立德树人为根本，以提高人才培养质量为核心，主动对接国家战略、区域经济社会发展需求以及行业发展趋势，培养更多应用型、复合型人才，早日建成具有鲜明特色的一流医科大学。
